במקרים בהם זיהום השן/הרס רקמת השן חודר עד לשכבה הפנימית ביותר, מוך השן (pulp), נוצרת דלקת במוך השן.
בדר"כ זו דלקת חריפה (acute pulpitis) המתבטאת בכאבים חזקים עד בלתי נסבלים, תחושת "דופק פועם" בתוך השן, כאב בלעיסה ו/או בשתיית משקאות חמים וקרים.

במקרים אחרים זהו תהליך שמתרחש לאט ומציק רק מידי פעם.
כך או כך התוצאה זהה: נמק של הרקמה הרכה של השן ומעבר הזיהום מתוך השן אל מערכת התאחיזה, ובעקבותיו ספיגת הסיבים המחברים את השן לעצם.

​

טיפול: טיפול שורש (root canal treatment) בטיפול שורש מבוצע ניקיון יסודי של תעלות השורש, סילוק שאריות רקמה רכה נמקית או מודלקת, הרחבת ועיצוב התעלות בעזרת מכשור דק ועדין המותאם לשימוש בתעלת השורש, כל זאת תוך ביצוע שטיפות חיטוי לסילוק החיידקים וחומרים תרופתיים אחרים. לבסוף איטום התעלות בחומר פלסטי, על מנת למנוע כניסת וגדילת חיידקים בתוכן.

​

טיפולי השורש במרפאה מבוצעים בעזרת מכשור ממונע ייחודי ומתקדם.

המשך טיפול לשן שעברה טיפול שורש: בדרך כלל כאשר שן הגיעה לטיפול שורש, בין אם הסיבה היא ריקבון של כותרת השן או שבר/סדק בכותרת השן – יש להכתיר את השן בעזרת כתר (crown), כדי להחזיר את פונקציית הלעיסה: יכולת הנשיאה בעומסים האדירים של פעולת הלעיסה,  ובכך למנוע שבירה של כותרת השן ולהאריך את חייה.

​

בשלב ראשון יוכן מבנה (post and core) ולאחר מכן כתר (crown).

במקרים בהם נותרה תמיכה מספקת ולא נפגעו קירות השן התומכים בה, ניתן לבצע שחזור (סתימה או מבנה) ללא כתר. בדר"כ במקרים אלו תידרש הלבנה פנימית לשן, (במידה ומדובר בשן קדמית או שנראית בחיוך), כיוון שלשיניים שעברו טיפול שורש יש נטייה לשנות את צבען .